CDリスト（シングル）
【S01】アムリタ
2005/8/18発売
歌手デビューシングル。アルバム未収録の「you are my love」収録。
【S02】ウンディーネ
2005/10/21発売
アニメ「ARIA The ANIMATION」とのタイアップでオープニングと挿入歌を収録。
【S03】ユーフォリア
2006/4/26発売
アニメ「ARIA The NATURAL」とのタイアップでオープニングと挿入歌を収録。
【S04】もどかしい世界の上で
2006/10/25発売
初回生産分には牧野由依オリジナルフォトカード（全5種類のうち1枚）を封入。
【S05】スケッチブックを持ったまま
2007/10/24発売
キャラソンを含む4ヶ月連続シングルリリースの第1弾。
【S06】synchronicity
2007/11/21発売
カップリングの「アムリタ」弾き語りバージョンはこのCDのみ。
【S07】スピラーレ
2008/1/23発売
アニメ「ARIA The ORIGINATION」とのタイアップでオープニングと挿入歌を収録。
【S08】たんぽぽ水車 ～Yui Makino Version～
2009/10/7発売
アニメ「スケッチブック～full color's～」最終話エンディングのソロバージョン。
【S09a】ふわふわ♪ （初回限定版）
2010/3/3発売
「ピアニスト」牧野由依を見いだした岩井俊二の手によるPVを付属DVDに収録。
【S09b】ふわふわ♪ （通常版）
2010/3/3発売
カップリングの「the never ending rainbows」はアルバム未収録。
【S10a】碧(あお)の香り （初回限定版）
2010/11/10
TVサイズは初回版のみに収録。付属DVDにはPVとメイキング映像を収録。
【S10b】碧(あお)の香り （通常版）
2010/11/10b発売
初回出荷分はアニメ「ソウルイーター」ステッカー付き。
【S11a】お願いジュンブライト （初回限定版）
2011/4/27発売
付属DVDにはPVのメイキング映像を収録。
【S11b】お願いジュンブライト （通常版）
2011/4/27発売
EPOのヒット曲「う・ふ・ふ・ふ」のカバーを含む全3曲。
【S12】囁きは"Crescendo"
2014/8/20発売
アニメ「フランチェスカ」主題歌の爽やかな曲。PVがYouTubeで配信されている。
自ら作詞を手がけた「ハチガツノソラ」、CD化を切望されていた「今日も1日大好きでした。」を収録。
【S13a】きみの選ぶみち（初回限定版）
2015/6/3発売
PVがYouTubeで配信
されている。
初回限定版付属のDVDには、PVの撮影風景や曲についてのインタビュー映像が収録されておりファン必見の内容。
【S13b】きみの選ぶみち（通常版）
2015/6/3発売
仮歌は2010年に作成され、コンサートでは「未来へのうた」という題名で歌われたこともある曲が、新たなアレンジでついにCD化された。
【S14a】What A Beautiful World／ウイークエンド・ランデヴー（初回限定版A）
2016/10/19発売
初回限定版A付属のDVDには、2016/8/10のコンサートから「アムリタ」の映像と、ジャケット写真のメイキング映像が収録されている。
なお、このシングルのリリースイベント最終回（2016/10/23 ららぽーと横浜）では、2016/8/10のコンサートをフル収録したDVDを発売することが発表された。
【S14b】ウイークエンド・ランデヴー／What A Beautiful World（初回限定版B）
2016/10/19発売
初回限定版B付属のDVDには、海外イベントのダイジェスト映像が収録されている。
初回限定版Aと異なり、ウイークエンド・ランデヴーを前面に出したイメージのジャケットで、曲順も逆に収録されている。
【S14c】What A Beautiful World／ウイークエンド・ランデヴー（通常版）
2016/10/19発売
2曲のインストバージョンは通常版のみに収録されている。
【S15a】Reset（初回限定版A）
2017/6/7発売
Reset、Colors of Happinessのオリジナルとテレビサイズを収録。
ResetのMVとメイキング映像を収録したDVDを同梱。
【S15b】Reset（初回限定版B）
2017/6/7発売
Reset、Colors of Happinessのオリジナルと、Resetのアコースティックバージョンを収録。
Resetのレコーディングの様子を収録したDVDを同梱。
【S15c】Reset（通常版）
2017/6/7発売
Reset、Colors of Happinessのオリジナルとインストを収録。
【S16】シルエット
非売品
2021/8/18発売のBlu-Ray「YUI MAKINO LIVE CONCERT FIVE6THREE7」アスマート購入特典。
配信で販売された同曲のCD版。
【S17a】エスペーロ（ARIA盤）
2021/12/1発売
2021/12/3公開の映画「ARIA The BENEDIZIONE」オープニングテーマ「エスペーロ」とエンディングテーマ「ウンディーネ ～2021 edizione～」を収録。
ジャケットはアニメのイラスト。「エスペーロ」はcinema ver.も収録。
【S17b】エスペーロ（YUI盤）
2021/12/1発売
「エスペーロ」はエスペラント語で「希望」の意味。
ARIA盤には入っていないピアノ弾き語り曲「きみの鳥は歌える」を収録。