6章
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暴走メダロット撃退～エンディングまで
暴走メダロット撃退 
探検部からスタート。
：外で何かが起こっているみたいだ。
クエスチョン：「大丈夫です！」「ちょっと待ってください。」
「大丈夫です！」を選択するとイベントが進む。
以降は部室棟に入れないので、メダリア合成ができなくなる。
6章全般に言えることだが後戻りが出来なくなる場合が多いので、セーブには注意しよう。
最終セーブポイントで後戻りが出来ないのに有効なパーツも手に入らず、メダリアも合成できない。という状況に陥ると最悪詰み状態となってしまう。
特にストーリー重視でパーツ集めをあまりしてこなかったというプレーヤはそういった状況に陥る可能性があるのでセーブは慎重に行おう。
校舎前
ロボトル：VS暴走メダロット
戦闘後保健室へ。
更新データVer.1.1適用済みの場合、保健室でセレクト隊とロボトル可能。
ストライクホーンのカウントダウンはラスボスにも通じるため、パーツを集めておくとよいかも。
なお、部屋から出ると再戦不可となる。
：暴走メダロットの侵入を阻止するぞ！
ランダムエンカウント (校舎前・部室棟・寮)
| 対戦相手 | 使用メダロット | 備考 |
|---|---|---|
| 暴走メダロット | グリード | |
| 暴走メダロット | クウケンタウロス | |
| 暴走メダロット | ブラックメイル | |
| 暴走メダロット | ラグナ6 LF ラグナ6 RF | |
| 暴走メダロット | ヒポポテンシア | カブトVer.限定 |
| 暴走メダロット | ライノラッシュ | カブトVer.限定 |
| 暴走メダロット | ヒポポジャマース | クワガタVer.限定 |
| 暴走メダロット | ライノダッシュ | クワガタVer.限定 |
学生寮
ロボトル：VS暴走メダロット
部室棟
ロボトル：VS暴走メダロット
学生寮・部室棟の両方のロボトルを終えると、生徒会室に移動。
生徒会の面々とはYボタン会話でロボトルが可能。
生徒会室から出るとセーブ不可の6連戦。ここが最後のセーブポイント。
この部屋でラスボス戦に使えそうなパーツはギガファントのガードパーツのみ。
VSメダリウム
以下、すべて連戦＆パーツ入手不可。難敵攻略
エンディングまで6連戦と非常に長い。
じっくり戦わずにリーダー集中砲火でさっさと先に進むのも手。
敗北するとその場で再戦orタイトルに戻るを選択出来る。
再戦した場合の負けカウント増加は未検証。
ロボトル：謎の生命体の侵攻を阻止せよ！：VSメダリウム？H、メダリウム？R、メダリウム？L
| パーツ | 装甲 | 機動 | 格闘 | 射撃 | タイプ | ドライブ | スキル | わざ | 成功 | 威力 | 充填 | 冷却 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| メダリウム?R | 1000 | 46 | 46 | 46 | 浮遊 | A | かくとう | パイル | 42 | ◎95 | 30 | 10 | |
| B | かくとう | ソード | 42 | ◎75 | 40 | 40 | |||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
| メダリウム?H | 1000 | 46 | 46 | 46 | 浮遊 | A | かくとう | フラッシュ | 90 | 35 | 10 | 60 | |
| B | |||||||||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
| メダリウム?L | 1000 | 46 | 46 | 46 | 浮遊 | A | かくとう | パイル | 42 | ◎95 | 30 | 10 | |
| B | かくとう | ソード | 42 | ◎75 | 40 | 40 | |||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
クエスチョン（右うで担当は･･･）：「アイドル部」「メダロット研究会」「レスキュー部」
クエスチョン（左うで担当は･･･）：「アイドル部」「メダロット研究会」「レスキュー部」
担当はどの部でも構わないが、あたま担当は若干敵のHPが多い。また、頭を担当した部活は後のムービーやラスボスの性能に関わってくる。
単純な火力はメダロット研究会＜アイドル部＜レスキュー部である。
（選ばなかった部があたま担当になる。以下の4連戦は用意されたメダロットで戦う。）
ロボトル（右うで担当）：謎の生命体の侵攻を阻止せよ！：VSメダリウム？H、メダリウム？R、メダリウム？L
ロボトル（左うで担当）：謎の生命体の侵攻を阻止せよ！：VSメダリウム？H、メダリウム？R、メダリウム？L
右うで、左うでは探検部の時とステータスは同じ。上記表を参照。
ロボトル（あたま担当）：謎の生命体の侵攻を阻止せよ！：VSメダリウム？H、メダリウム？R、メダリウム？L
あたまだけステータスが違う。
| パーツ | 装甲 | 機動 | 格闘 | 射撃 | タイプ | ドライブ | スキル | わざ | 成功 | 威力 | 充填 | 冷却 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| メダリウム?R | 1160 | 48 | 48 | 48 | 浮遊 | A | かくとう | パイル | 42 | ◎80 | 30 | 10 | |
| B | かくとう | ソード | 42 | ◎60 | 40 | 40 | |||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
| メダリウム?H | 1730 | 28 | 28 | 28 | 浮遊 | A | かくとう | フラッシュ | 90 | 20 | 10 | 60 | |
| B | かくとう | ウィルス | 14 | 29 | 20 | 3 | |||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
| メダリウム?R | 1160 | 48 | 48 | 48 | 浮遊 | A | かくとう | パイル | 42 | ◎80 | 30 | 10 | |
| B | かくとう | ソード | 42 | ◎60 | 40 | 40 | |||||||
| とくせい | スーパーアーマー | C | |||||||||||
ロボトル（教師陣）：謎の生命体の侵攻を阻止せよ！：VSメダリウム？H、メダリウム？R、メダリウム？L
探検部の時とステータスは同じ。上記表を参照。
最終ロボトル
ムービーメダルイーター復活、ムービーメダルイーターVS？？？部（あたま担当により変化）、ムービーメダルイーター、ムービー最終決戦が見られる。
ロボトル：メダルイーターを倒せ！：VSメダルイーター
| 対戦相手 | 使用メダロット | 備考 |
|---|---|---|
| メダルイーター | メダルイーター |
備考：相手は1体だが、勝ち抜きロボトル扱い。味方、相手ともにリーダーなし。
備考：頭部以外のパーツを破壊しても、トランスパーツで復活させてくる。
備考：難敵攻略も参照。
エンディング
「おしまい」が出た後、Aボタンを押すか下画面をタッチすると上書きするかどうかを聞いてきます。
周回プレイをする場合はセーブデータ上書き「はい」、スタート画面の「はじめから」を選び「はい」を選択。
メダルのチャージ設定、装備したメダリアは外れ、設定したローテーションも消えてしまいます。これらはプリセットやローテーションのセーブで対処可能です。
お気に入りメダリアの解除は対処不能。ミーバースなどで画面キャプチャをとっておくのも一つの手です。
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